該市的總面積為89.6平方英里(232.1平方千米);其中陸地面積為48.4平方英里(125.4平方千米),水域面積為41.2平方英里(106.7平方千米,占46.0%)。而其它許多人口相仿的城市,如丹佛有154.9平方英里,而夏洛特有280.5平方英里。在50萬人口以上的美國城市中,只有舊金山和華盛頓的面積小于波士頓。波士頓的海拔高度,以洛根國際機場為標準,是19英尺(5.8米)。波士頓的最高點是貝勒維爾山,海拔330英尺(101米)。與波士頓毗鄰的城鎮(zhèn)有溫索普、里維爾、切爾西、艾弗瑞、薩默維爾、劍橋、水城、牛頓、布魯克蘭、尼達姆、戴得漢姆、坎頓、米爾頓和昆西,通常都被認為是大波士頓的一部分。
波士頓公園(Boston Common)位于金融區(qū)和燈塔山附近,是美國最古老的公園。連同附近的波士頓公共花園,都屬于“翡翠項鏈”(一系列環(huán)繞城市的公園)的一部分。